Греческий флот значительно уступал по своим размерам персидскому. Остров Хиос выставил наибольшее количество судов - 100 кораблей, по 40 лучших воинов на каждом; Милет, богатый и населенный город, опоздал со снаряжением и выставил только 80; Лесбос - 70; Самос - 60 и т. д. Фокея, лишь понемногу оправившаяся от выселения и разрушения, происшедшего за 50 лет до этого, не смогла выставить более 3 кораблей, во главе которых, однако, был поставлен лучший и способнейший из военачальников - Дионисий. В общей сложности было выставлено 353 триремы, но флотом их назвать было нельзя; это были скорее девять эскадр, очень различавшиеся по силе, без единого главного начальника, без тактического подразделения и подготовки, а главное без привычки действовать совместно и подчиняться одному командиру.

Каждой эскадре было отведено место в боевой линии, причем самосцы получили место на западном крыле, находившемся в открытом море; рядом с ними были расположены лесбосцы. С самого начала обнаружилось, что у командующего нет тактических познаний, а команды еще не выучились грести. По совету Дионисия и с согласия всех прочих командиров были начаты тактические упражнения. Он усердно начал обучать флот эволюциям, упражнял его в прорыве сквозь линию неприятельских судов и т. д. Для сокращения времени корабли не вытаскивались, как это практиковалось обычно, на берег, а оставлялись ночью на якорях. Если бы мыслями Дионисия прониклись все без исключения, то могла бы появиться основательная надежда на успех даже при встрече с превосходящими силами; но сознание необходимости этих упражнений скоро перестало разделяться всеми, и ионяне, благодаря разгульной неправильной жизни, стали очень инертными. Несмотря на то, что от подготовки зависел вопрос их жизни, они очень скоро стали тяготиться делом и роптать на лишения и требуемое от них напряжение сил. По истечении недели они не пожелали подчиняться требовательному начальнику, происходившему из незначительной Фокеи, съехали на берег и разбили там палатки. В этих условиях попытки персов посеять при помощи находившихся в Персии изгнанных из ионийских городов тиранов рознь и вражду между греками упали на благоприятную почву.

Общие силы персидского флота состояли из 600 кораблей. Персидский флот имел единое командование и не испытывал таких проблем, как их противники.